un Homoncule naît suite à une transmutation humaine ratée. Les Homoncules apparaissent comme la combinaison entre un corps et un esprit, mais sont dépourvus d'âme. Ils ne sont donc pas humains. Ils conservent néanmoins l'apparence ainsi que quelques souvenirs du défunt qu'on a tenté de ramener à la vie. Ils proviennent de l'autre côté de la Porte, ce qui explique qu'ils ne peuvent pas utiliser l'alchimie.
A la base, la créature issue de la transmutation ratée ne devrait pouvoir vivre que très peu de temps, n'étant qu'un organisme incomplet. Néanmoins, sous cette forme, un Homoncule peut survivre si on lui apporte sa source de nutrition : des vies humaines, généralement sous forme de pierre rouge (pierre philosophale incomplète).
Après en avoir suffisamment mangé, l'Homoncule prend alors son apparence humaine, qui est celle de l'être auquel on a tenté de rendre la vie, et acquiert une capacité. Ceci implique que quelqu'un recueille les Homoncules : cette personne s'appelle Dante, elle fut la compagne de Hohenheim il y a 400 ans. Elle se sert des Homoncules en les envoyant obliger des alchimistes à fabriquer la pierre philosophale pour eux. Dante promet à ses Homoncules de réaliser leur rêve qui est – pour certains en tout cas - de devenir de véritables êtres humains, mais au final elle se sert de la pierre philosophale pour transférer son esprit vers un nouveau corps et continuer ainsi à vivre éternellement. En touchant le signe de l'Ouroboros d'un Homoncule et en utilisant l'alchimie, Dante semble pouvoir remodeler complètement sa personnalité pour en faire un pantin docile.
Un Homoncule n'est pas invincible. Toute la pierre rouge consommée lui confère un certain pouvoir de régénération qui diminue à chacune de ses morts. Mais pour arriver le battre pour de bon, il faut le tuer un nombre incalculable de fois.
Heureusement, il existe une méthode qui permet de se débarrasser d'un Homoncule à coup sûr et qui se base sur son seul point faible : face à des restes du corps (os, cheveux, ...) qui a été utilisé pour la transmutation humaine qui lui a donné naissance, un Homoncule se retrouve complètement paralysé. Mais cela est insuffisant, ça ne fait que le neutraliser. En plaçant l'Homoncule (toujours à proximité d'une partie de son « ancien corps ») sur un cercle de transmutation particulier et en utilisant l'alchimie, on peut le sceller (c'est-à-dire le maintenir dans un état inconscient, comme dans le coma), voire le détruire. Si l'on choisit de le tuer, une fois le cercle enclenché, l'Homoncule recrache toute la pierre rouge qui est la source de leur vie. Quand il n'en a plus, l'Homoncule meurt pour de bon et se décompose.
